وجود تعداد کم میکروارگانیسم در شیر باعث بهتر شدن در کیفیت آن میشود. هر چه بار اولیه میکروبی کمتر باشد کیفیت نگهداری آن نیز بهتر است. بار میکروبی اندک بخصوص تعداد اسپور باکتریها در شیر موضوع قابل توجهی است که باید در هنگام فرآیند شیر با درجه حرارت بالا به آن توجه کرد. میزان میکروبهای موجود در شیر برای ارزیابی وضعیت بهداشتی شیر و درجهبندی آن مورد استفاده قرار میگیرد. باکتریهائی که وجود آنها در شیر باعث نامطلوبی آن میشود در شیر بخوبی رشد میکنند. مانند لاکتیکها و کلیفرمها و سایکروتروپهائی که در درجه حرارتهای یخچالی رشد میکنند وترمودپوریکهائی که در درجه حرارتهای پاستوریزاسیون باقی میمانند.
وجود باکتریهای مقاوم به حرارت یا اسپور آنهاست که سبب بروز مشکل میشود و اهمیت ضرورت پائین بودن بار میکروبی شیر خام را روشن میکند. باکتریهای مقاوم به حرارت، به باکتریهائی گفته میشود که در حرارت زیاد مثل پاستوریزاسیون زنده باقی میمانند. وقتی پاستوریزاسیون در دمای بالا انجام میگیرد چنانچه محصول برای مدت طولانی در یخچال قرار داشته باشد باکتریهای مقاوم در برابر حرارت و سایکروتروپها ظاهر میشوند.